6.01 - ZOD

Jogado na Zona Fantasma, uma cela Kryptoniana criada por Jor-El, Clark se vê sem poderes e cercado por criminosos aprisionados por seu pai procurando vingança. Enquanto isso, tendo tomado conta do corpo de Lex, Zod mantém Lana cativa com a exigência de lhe produzir um herdeiro e começa seus planos de tranformar a Terra em um planeta igual a Krypton usando o disco da nave. Depois que o avião de Lois e Martha bate perto da Fortaleza da Solidão, Jor-El diz a Martha como matar Zod. De volta ao Planeta Diário, Chloe se reencontra com uma paixão antiga, Jimmy Olsen.

6.02 - SNEEZE

Clark trabalha muito pra limpar a destruição feita por Zod e desenvolve o que ele pensa ser seu primeiro resfriado. Entretanto, ele logo descobre que é um novo poder - Super sopro! Lois consegue um trabalho no Inquisidor, o jornal local, e Lana vai morar com Lex, que acredita que alguém o está perseguindo, o que rapidamente prova ser verdade quando ele é sequestrado.

6.03 - WITHER

Tentando amenizar os resultados da destruição que causou quando era Zod, Lex organiza uma festa à fantasia para a cidade e convida The All-American Rejects para tocar. Entrementes, Clark e Chloe perseguem uma criatura que procura corpos de homens para fazer experiências estranhas, porém, a caçada intensifica quando a criatura começa a perseguir Jimmy Olsen. Lois concorda relutante em ir á festa de Lex com Oliver Queen.

6.04 - ARROW

Lois testemunha o Arqueiro Verde roubando um raro diamante de Martha. Clark começa investigações e descobre que Oliver Queen é o Arqueiro Verde e ele tem roubado dos ricos e dado aos pobres. Entrementes, Lex recebe ajuda de Lionel para testar a lealdade de Lana.

6.05 - REUNION

Quando eram adolescentes, Lex e Oliver foram para a mesma escola preparatória, onde Oliver e seus amigos intimidavam Lex e seu amigo Duncan. Lex eventualmente se vira contra Duncan pra ganhar a aceitação deles, fazendo Duncan se jogar do telhado. Lex e Oliver retornam à escola para uma reunião e são surpreendidos quando os velhos amigos de Oliver são mortos em acidentes violentos e misteriosos que apontam para Duncan. Enquanto isso, Clark vê fotos de satélite que mostram quatro outras crateras que foram criadas no dia em que ele escapou da Zona Fantasma, fazendo com que ele acredite que outros podem estar o seguindo.

6.06 - FALLOUT

Clark fica animado quando descobre que Raya conseguiu escapar da Zona Fantasma e veio até Smallville pra vê-lo. Os dois se aproximam e Raya mostra a Clark como restaurar o poder da Fortaleza da Solidão. Entretanto, Baern, um assassino que também escapou da Zona Fantasma, pega Raya e Clark enquanto busca vingança por sua prisão.

6.07 - RAGE

Clark descobre que o Arqueiro Verde foi baleado enquanto tentava salvar um casal de um roubo de carro, mas Oliver nega que tenha sido ferido.Contudo, quando Oliver começa comportar de maneira irregular, Clark e Chloe investigam e descobrem que ele está tomando uma super-droga que cura seu corpo mas que contém severos efeitos colaterais. Enquanto isso, Lana faz uma chocante descoberta que causará impacto em sua relação com Lex .

6.08 - STATIC

Clark descobre que um prisioneiro da Zona Fantasma aterrisou em Seatle e esquartejou a tripulação inteira de um navio de carga. Na sua investigação, Clark se vê cara a cara com um terrível Fantasma que suga os ossos das pessoas. Enquanto isso, uma paciente com a habilidade de se transformar em diferentes frequências escapa do laboratório de pesquisa secreto da LuthorCorp e busca vingança pra cima de Lex prendendo-o em um outro período espacial onde ele pode ver e ouvir todo mundo, mas ninguém pode vê-lo.

6.09 - SUBTERRANEAN

Clark fica chocado ao descobrir que seu vizinho Jed mcNally está mantendo imigrantes em cativeiro e os forçando a trabalhar em sua fazenda. Sentindo-se culpado por se considerar o imigrante definitivo, Clark procura ajuda de Martha para permitir que um jovem garoto e sua mãe fiquem no país.

6.10 - HYDRO

Depois que Lana confessa para Chloe que tem receio de casar com Lex por causa dos sentimentos que ainda tem por Clark, a colunista de fofoca do Planeta Díário, Linda Lake, faz uma história detalhando sua conversa inteira. Determinada a provar que não deu a história à Lake, Chloe investiga sua companheira de trabaho e descobre que ela tem a habilidade de se transformar em água e a usa secretamente pra ouvir conversas para sua coluna. Enquanto isso, Lois começa a suspeitar que Oliver é o Arqueiro Verde e convoca a ajuda de Clark pra provar isso.

6.11 - JUSTICE

Green Arrow pede reforços e Bart Allan, o Flash, Aquaman e Cyborg retornam a Smallville para ajudá-lo a destruir o laboratório secreto da LuthorCorp. Durante o arrombamento na LuthorCorp, Bart é capturado e torturado por Lex e Clark tenta salvá-lo, mas é impedido por uma pedra de meteoro. Chloe pede ajuda a Oliver para salvá-lo, e a recém-formada "Liga da Justiça" entra em ação para salvar Clark e Bart.

6.12 - LABYRINTH

Clark é atacado e acorda num hospício onde o médico atendente, Dr. Hudson, diz a ele que o mesmo tem estado lá por cinco anos desde que fantasiou ter superpoderes alienígenas. Neste mundo, Martha é casada com Lionel Luthor, Chloe é considerada louca e Lana escolheu Clark ao invés de Lex. Lana implora pra Clark concordar com o tratamento do Dr. Hudson para que então eles possam ficar juntos, mas quando um paciente chamado John, Martian Manhunter, diz a ele que o bom doutor é na verdade um fantasma e que ele pracisa matá-lo para retornar à realidade, Clark deve tomar a decisão mais difícil de sua vida.

6.13 - CRIMSON

Depois que Lois experimenta um batom feito de kryptonita vermelha, ela fica louca de desejos por Clark e dá o seu passo. Os dois se beijam, transferindo a kryptonita vermelha para Clark e suas inibições imediatamente desaparecem, fazendo com que o "Clark mau" apareça. Estimulado pela pedra vermelha, Clark decide invadir o jantar de casamento de Lex e Lana e seqüestrar a futura noiva.

6.14 - TRESPASS

Após receber uma foto dela mesma se vestindo em seu quarto, Lana percebe que tem alguém perseguindo-a e decide se esconder num local inesperado. Enquanto isso, Jimmy termina com Chloe porque acredita que ela verdadeiramente não superou o assunto "Clark", forçando-a a dar uma profunda analisada em seus sentimentos por seu melhor amigo.

6.15 - FREAK

Clark e Chloe descobrem que Tobias , um jovem que foi cegado na chuva de meteoros e agora tem a habilidade de identificar "freaks dos meteoros", está sendo usado por Lex para localizar pessoas com habilidade para fazer experimentos com elas. Lana descobre sobre o dom de Tobias, e temendo que ele dê Clark como um infectado, oferece a ele um transplante de córnea em troca de seu silêncio. Contudo, ela não está preparada para as chocantes novidades de Tobias.

6.16 - PROMISE

No dia do casamento de Lex e Lana, Lex recebe uma ligação do Dr. Langston que ameaça contar a verdade a Lana sobre o bebê. Lana começa a ter dúvidas sobre casar com Lex e Clark chega à conclusão que não pode deixar Lana casar com Lex - e decide contar a ela sobre seu segredo. Entretanto, ninguém está preparado pra o que acontece quando Lionel Luthor se intromete.

6.17 - COMBAT

Clark e Chloe descobrem que Titan, um Zoner, é a estrela de um clube de luta cuja batalhas sangrentas até a morte são veiculadas na internet. Lois sente o cheiro de história no caso e decide investigar por si própria, mas é capturada e forçada a participar nas brigas com Athena como sua primeira adversária. Clark revela seus poderes pra que ele possa brigar com Titan, mas fica surpreso quando é jogado no ring com Lois.

6.18 - PROGENY

Depois que Lex descobre que a mãe de Chloe tem a habilidade de controlar pessoas infectadas por pedras de meteoro, ele desenvolve uma droga capaz de acordá-la de seu estado catatônico no sanatório, então ameaça matar Chloe para que ela use seu poder para ajudá-lo. Clark ajuda Chloe a entrar no sanatório e resgatar Moira e finalmente conhecer a sua mãe.

6.19 - NEMESIS

Depois que Jodi, a esposa de um soldado das Forças Especiais, explode uma bomba de gás em um dos laboratórios secretos de Lex, Lionel é ferido gravemente e Lex é feito refém pela esposa enfurecida. Alegando que Lex raptou seu marido desaparecido, Jodi ameaça explodir o laboratório inteiro a menos que Lex diga a ela onde está seu marido. Clark sai em resgate a Lex, mas é imediatamente afetado pela Kryptonita infiltrada nas paredes. Lex e Clark percebem que o único modo de saírem dali vivos é ajudando um ao outro.

6.20 - NOIR

Depois de um encontro secreto com Lionel, Lana é baleada no Planeta Diário por um atirador misterioso. Jimmy é nocauteado enquanto estudava fotografias da cena e sonha com uma versão dos anos 40 de Smallville na qual Lana é mulher fatal que orquestrou o assassinato de seu marido magnata Lex. Clark trabalha no Planeta Diário como repórter e Lois é uma cantora sensual trabalhando num bar que pertence a Lionel. Enquanto isso, de volta a 2007, Clark descobre porque Lana se casou com Lex.